O objetivo do Programa de Doutoramento em Ciências da Administ​ração é a preparação para a realização de trabalho científico independente, contribuindo deste modo para o progresso do conhecimento no ramo das Ciências da Administração, o que inclui as áreas da gestão pública, políticas públicas, organização política e administrativa, administração aplicada e administração orçamental. O Programa de Doutoramento em Ciências da Administração visa não só preparar para o ensino universitário e para a investigação, mas também a racionalização e aprofundamento científico dos processos de decisão de políticas e da sua gestão nos serviços públicos e organizações não lucrativas e em áreas tão diversas como a saúde, “welfare”, ambiente e educação.​​​

O Doutoramento em Teoria Política, Relações Internacionais e Direitos Humanos, criado em parceria pelas Universidades de Évora e dos Açores, distingue-se pela centralidade que dá às questões da cidadania e direitos humanos, contextualizadas no sistema internacional, impulsionado por tendências e forças heterogéneas que são, por vezes, contraditórias. Com o apoio de um corpo docente com elevada competência científica e disciplinar e ancorada na sólida experiência de investigação inserida em Centros de Investigação de Excelência, este doutoramento visa desenvolver um profundo conhecimento teórico, que de forma versátil e transdisciplinar, impulsione o desenvolvimento de análises críticas, que representem um contributo inovador e consistente na investigação a nível nacional e internacional.